Sám odmítl účast v řadách spolupracovníků ministryně spravedlnosti Heleny Válkové. „Jsem představitel jednoho z nejvyšších soudů v naší zemi,“ vysvětlil v Otázkách Václava Moravce ve vysílání České televize. Přitom zdůraznil, že nepochybuje o dobrých úmyslech ministryně.

Domnívá se, že soudci nemají tvořit strategii soudnictví, nýbrž jen odbornou opozici navržených postupů. Soudci strategii podle Josefa Baxy mohou tvořit, až budou sami mít za fungování soudnictví odpovědnost. Soudy jsou totiž v současné době často předmětem kritiky, a přitom sami soudci nemohou změnit příčiny vleklé krize domácího soudnictví.

Zároveň Josef Baxa dodal, že v častých úvahách o stavovské soudcovské komoře nejde o samosprávu soudnictví, nýbrž jde o jiný systém správy soudnictví, o jakousi „justiční exekutivu".