Základní škola v minulých letech postupně rozšiřovala ve spolupráci s renomovanými odborníky spektrum expertních podpor určených jejím žákům. Jde o žáky se specifickými poruchami učení a chování (těžká postižení), ale i o žáky s jiným nebo kombinovaným postižením. Vždy se jedná o žáky, pro které je inkluzivní vzdělávání na běžné škole problematické. U některých žáků se může jednat o přechodné období několika let. Po určité kompenzaci problémů se mohou žáci navracet do běžných základních škol. K edukaci žáků vedou nejen vhodné vzdělávací postupy a optimální vzdělávací prostředí, ale také metody expertních podpor.

Učitelé naší školy se dlouhodobě věnují studiu FIE - Feuersteinovo instrumentální obohacení. Děti, které nejsou schopny se učit ze zkušeností nebo při školní výuce, trpí, podle Feuersteina, deficitem v kognitivní (poznávací) oblasti. Nenaučily se myslet v souvislostech. Zásadním problémem je tedy rozvoj kognitivních schopností dětí Feuersteinovou metodou obohacování prostřednictvím instrumentů. Jde o ucelený soubor cvičení se speciálními úkoly. Učitel (zprostředkovatel) se staví mezi vnější podněty a dítě. Pomáhá mu zvládnout řešení úkolů tím, že povzbuzuje jeho aktivitu. Nedává dítěti návod, jak má vyřešit konkrétní problém, ale snaží se dítě vést k tomu, aby to dokázalo samo. Klade se důraz na spolupráci a naslouchání. Feuerstein mluví o vzájemném sdílení myšlenek a přístupů k úkolu. Obsahem sdílení je i strategie řešení úkolů. Žáci se mají naučit reflektovat (přijímat) své myšlení a vhled, dokázat hodnotit své poznávací dovednosti, a tak zobecnit způsoby uvažování. Učí se metakognici, tj. poznání toho, jak člověk poznává, jak se učí.

Na ZŠ prof. Zdeňka Matějčka je laboratoř EEG biofeedbacku. Jednotlivá ošetření dětí probíhají během jejich pobytu ve škole. Metoda biofeedback, biologické zpětné vazby, slouží k všestrannému zlepšování činnosti mozku. Provádí se pomocí přístroje, který měří mozkovou činnost a zprostředkovává uživateli vizuální (případně i sluchový) vjem o změnách v mozkové činnosti.

Stejně důležitá je expertní podpora pomoci žákům při přetrvávajících primárních reflexech. Jedná se o neuro-vývojovou stimulaci ve školní praxi. Kurz má název „Pohybem se učíme.“ Stimulace je založena na jednoduchých cvicích, které často napodobují pohyb vyvolaný primárními reflexy. Tím se dává mozku druhá šance, aby se postupně naučil správně kontrolovat fungování těla. Neuro-vývojová terapie kombinuje poznatky z více neuro-stimulačních metod najednou a používá se u dětí od 4 let, ale je účinná i u dospělých.

Další expertní podpora je norská vyučovací metoda – GRUNNLAGET. Východiskem pro podporu dětí je práce norského pedagoga Magne Nyborga. Původně se systém používal jen pro práci s dětmi ze sociálně znevýhodněného prostředí. V současnosti se používá pro všechny handicapované děti. Metoda využívá k učení konkrétní předměty, které jsou označovány pojmy, mezi kterými jsou následně hledány rozdíly a podobnosti na základě senzomotorických zkušeností.