Islám jako přísně monoteistické náboženství zažil po roce 680 n. l. velké schizma, v jehož důsledku vznikly jeho dva hlavní směry, většinoví sunnité a menšinoví šíité. Podle prvního směru byli Mohamedovými následovníky chalífové, jejichž úkolem bylo šířit sunnu (obyčeje, tradici), zatímco šíité pokládali za jediné vůdce potomky Mohamedova zetě Alího a Mohamedovy dcery Fátimy, jimž se říká imámové. V 8. století došlo mezi šíity po smrti 6. imáma k dalšímu rozkolu vznikem nového proudu, jímž se stala sekta ismáílovců, která prostřednictvím dynastie Fátimovců vládla v Egyptě.

Ze sekty ismáílovců vznikly tři další sekty, z nichž dvě mají i současný vliv v oblastech, kde se dnes bojuje. První z nich je již neexistující sekta asasínů, kteří bývají někdy neprávem označováni jako hašašíni (požívači hašiše). Původní význam slova však znamená „strážci“ (rozuměj Svaté země). Na konci 11. století založili vlastní stát na pomezí Persie a dnešní Sýrie s mnoha hrady a pevnostmi. I když původně bojovali s templáři, později došlo ke vzájemné toleranci či dokonce možné spolupráci a ovlivňování tajných vrstev jejich učení, které měli nepochybně také templáři. Asasíny vedl Hassan ben Sabbah, známý také jako „stařec z hory“, který nechával své politické protivníky odstraňovat vraždou (zpravidla dýkou). I když po jeho smrti stát asasínů zanikl a sekta byla zničena, připomínka asasínů dnes žije alespoň v anglickém slově „assassin“, které v překladu znamená úkladný vrah.

Druhou sektou vzniklou z ismáílovců jsou drúzové, kteří dnes obývají především hornaté části jižního Libanonu a severního Izraele s počtem cca 0,5 mil. osob. Zakladatelem sekty byl Hakem, šestý fátimovský egyptský chalíf z 11. století. Svatou knihou drúzú je Kitab-el-Hikmet („Kniha moudrosti“). Drúzové se dělí na dvě části. Nižší stupeň představují „džakilové“ neboli bojovníci, kteří však neznají pravou podstatu svého náboženství, jež je vyhrazeno pouze „akilům“ neboli do tajemství víry zasvěceným starcům. Existuje také domněnka, že možná nejde ani tak o variantu islámu, jako již o nové, samostatné náboženství. To však nelze ověřit pro přísně utajenou podstatu jejich víry. Nejznámějším představitelem drúzů byl libanonský básník a politik Kamál Džumblát, zavražděný v roce 1977, po němž vůdcovství drúzského společenství převzal za libanonské občanské války jeho syn Válid Džumblát. Každopádně drúzové se nesnášejí s ostatními Araby. Svědčí o tom také skutečnost, drúzové žijící v Izraeli dobrovolně slouží v izraelské armádě a jsou považováni za její velice spolehlivou složku (zpravidla chodí na průzkum a v případě bojů jsou často nasazováni do první linie).