V roce 2018 ji vatikánský ministr kultury, kardinál Gianfranco Ravasi, uvedl jako odstrašující příklad neakceptovatelného zneužívání kostelů; posvátných míst zasvěcených službě Bohu. Jedná se o devastaci významné součásti národního i světového dědictví UNESCO, nemající obdoby.

Mnohé se zřejmě zanedbalo Národní knihovnou. Cena kostela byla v roce 1993 odhadnuta na 133 miliónu korun a v roce 2005 na 173 miliónu. Nakonec byl chrám prodán za 46 miliónu.

Od roku 1993 do roku 2005 byl kostel v nájmu a od roku 2005 dodnes v majetku podnikatele Jerri Nowikovského.

Je pravděpodobné, že České republice vznikla veliká ekonomická, kulturně duchovní a pietní škoda nevyčíslitelné hodnoty a došlo k nevratnému a zbytečnému zničení významného pramenného materiálu k původnímu slovanskému osídlení nejstarší Prahy.