Prezident a spolu s ním i jeho nejbližší spolupracovníci argumentují tím, že v konkrétních případech česká justice zaspala, neboť nedokázala zavčas rozhodnout ve prospěch či neprospěch obžaloveného, a proto je třeba projevit v těchto případech určitou shovívavost. Klaus navíc upozornil, že se opíral při svém rozhodnutí o příslušnou judikaturu Evropského soudu pro lidská práva. Tu však zpochybnila Unie státních zástupců, jež prezidentovu argumentaci odborně vyvrátila. Každopádně samotná amnestie je velkou chybou prezidenta Klause, protože jeho rozhodnutím mohou (a také asi budou) propuštěni někteří představitelé závažných korupčních kauz, jako např. soudce Berka, ale například i lidé, kteří se z nedbalosti dopustili zabití člověka - manžel H. Fibingerové J. Šmíd a další.

Prezident Klaus se od svého nástupu do prezidentské funkce dopustil mnoha chyb, větších či menších. V prvním funkčním období šel jasně na ruku pravici, kterou podporoval i veřejně, byl stranickým prezidentem a aktivisticky vystupoval ve prospěch pravice, ač těsně před tím, než se stal českým prezidentem, prohlásil, že nebude prezidentem aktivistickým. Ve druhém funkčním období sice nastalo jisté zlepšení, i tak prezident jednoznačně ze svého titulu posvěcoval asociální opatření jak Topolánkovy, tak nyní i Nečasovy vlády.

Klaus patřil i k předním Havlovým kritikům, co se týče udělování amnestií. Sám však zřejmě nedomyslel, jaké důsledky jeho krok může mít. Naopak prohlásil, že si za ním stojí a že bouře nevole, které jeho gesto na veřejnosti sklidilo, je mediální manipulací. Klaus konstatoval, že zde probíhá ,,druhý sarajevský atentát", což je zcela nepřiměřené srovnání.