Před podpisem Lisabonské smlouvy vymohl prezident Václav Klaus pro Českou republiku výjimku v obavě z možného uplatňování nároku sudetských Němců na jejich předválečný majetek na českém území. Ta by měla být včleněna do textu přístupové smlouvy Chorvatska k EU a při této příležitosti ratifikována ve všech státech Unie.

Poté, co se experti tvořící se vládní koalice dohodli, že strany budou společně podporovat schválení této výjimky, vyplouvají na povrch možná rizika. „Jelikož se jedná o mezinárodní smlouvu, musely by ji v České republice přijmout obě komory parlamentu," říká politický komentátor Jiří Pehe. Připomíná také, že Lisabonská smlouva vstoupila v platnost bez jakýchkoliv výjimek a čeští občané tak nabyli všech práv podle Evropské listiny základních práv.

Procedura vyjednání české výjimky byla problematická