Rozmístění 120.000 uprchlíků schválili ministři vnitra států EU jasnou většinou hlasů v září. Proti se při hlasování postavily kromě Slovenska také Česko, Rumunsko a Maďarsko, zatímco Finsko se zdrželo. Slovensko pak oznámilo, že se rozhodnutí nepodřídí a že ho napadne u unijního soudu. Představitelé levicové slovenské vlády opakovaně prohlásili, že kvóty stávající migrační krizi nevyřeší a že EU by se měla zaměřit na ochranu svých vnějších hranic.