Ludvík odvolal náměstkyni pro majetkové a mezinárodní věci krátce po svém nástupu na ministerstvo v prosinci 2016, když v čele úřadu vystřídal Svatopluka Němečka (ČSSD). Zdůvodnil to nadbytečností jejího místa náměstkyně. Při tzv. systemizaci míst zredukoval počet odborných náměstků z osmi na šest.

Spolu s Kolaříkovou skončila na úřadě i náměstkyně pro strategie Lenka Ptáčková Melicharová. Obě podléhaly služebnímu zákonu a podle náměstka ministra vnitra pro státní službu Josefa Postráneckého bylo jejich odvolání podle pravidel. Kolaříková se kvůli tomu obrátila na soud a chtěla rozhodnutí zvrátit. Tvrdila, že Ludvík rozhodl v rozporu se služebním zákonem.