Především je třeba opět upozornit, že kontrolu neprovádí ministerstvo financí,ale samotný řídící orgán na úrovni ministerstev, resp. krajů (regionální rady). Tyto orgány jsou odpovědné za bezproblémové hodnocení, výběr i kontrolu veškerých výdajů projektů, které proplácí. MF tyto proplacené výdaje dodatečně certifikuje,tj. zasílá žádosti o proplacení do Evropské komise,především na základě ujištění řídícího orgánu, že je vše v pořádku.

Pak zde máme audit ex post na úrovni jednotlivých operačních programů, které metodicky řídí Auditní orgán MF. Evropská komise, i když toto původní nastavení schválila, požaduje, aby se audit centralizoval na úrovni MF, což se stane od začátku roku 2013. Jinými slovy, komise nevěřila, že auditoři na úrovni(regionálních) operačních programů jsou dostatečně nezávislí na řídících orgánech, v jejichž organizační struktuře jsou začleněni, a je možné je za tohoto stavu bezproblémově řídit ze strany MF, ale nepochybuje, že se audit zlepší, pokud budou auditoři přímo na MF. To je v jasném rozporu se slovy o selhání resortu financí.

Svědčí o tom např. i nejnovější požadavek EK, aby Auditní orgán MF ověřil a zauditoval některé problémové oblasti u zablokovaného ROP Střední Čechy, aby mohla EK případně uvolnit financování programu.

MF řádně plní svou úlohu, pro ilustraci uvádím několik případů. Na základě nedostatků zjištěných v ROP Severozápad podalo trestní oznámení v případu Krajská zdravotní a nikdy neproplatilo dotčené výdaje. Jiným případem je OP Vzdělání pro konkurenceschopnost. Zde Auditní orgán MF vydal již před zjištěním komise výrok s výhradou, pouze tato záležitost nebyla medializovaná. Auditní orgán celkově vydal v prosinci 2012 výroky s výhradou u 10 operačních programů z 19.

Musíme si uvědomit, že Auditní orgán však nedisponuje takovými prostředky jako orgány činné v trestním řízení, např. odposlechy nebo domovní prohlídky. Každopádně házení viny za chyby na úrovni operačních programů na MF neodpovídá realitě.