Okupanti poté tuto církev rozpustili a chrám uzavřeli a používali nadále jako skladiště.

Atentát na nelítostného nacistu a jednoho z hlavních architektů holokaustu Heydricha provedli 27. května 1942 parašutisté Jozef Gabčík a Jan Kubiš, členové výsadku Anthropoid, ke kterým se připojil Josef Valčík z výsadku Silver A. Všem třem útočníkům se po atentátu podařilo uniknout, Heydrich svým zraněním podlehl 4. června.

Okamžitě po atentátu bylo vyhlášeno stanné právo a začaly masové popravy. Výsadkáři – nejen Gabčík, Kubiš a Valčík – se na základě kontaktů domácího odboje již ve dnech po atentátu ukryli v pravoslavném chrámu v Resslově ulici. Skrývali se přes tři týdny, o průběhu jejich pobytu v kostele neexistuje ucelené svědectví, protože nikdo ze zúčastněných se nedožil konce války. Z dokumentů gestapa je však známo, že se o ně nejvíce staral Vladimír Petřek.

Nakonec je ale zradil jeden z nich – Karel Čurda. Po těžkém boji zahynulo sedm parašutistů 18. června. Nacistický teror vyvrcholil v červnu 1942 vyhlazením Lidic a Ležáků. Za druhého stanného práva, které skončilo 3. července 1942, zahynulo přes 3000 lidí.