Prezident nepodepsal Fajtův jmenovací dekret na jaře 2015 společně s dekretem pro fyzika Ivana Ošťádala a politologa Jana Eichlera z Vysoké školy ekonomické. Zeman to zdůvodnil vážnými prohřešky akademiků z minulosti.

V případě kunsthistorika Fajta hlava státu argumentovala jeho údajnou žádostí, aby mu banka prostřednictvím sponzorského daru poskytla doplatek k platu ředitele galerie. „Já tuto žádost považuji za nepřímou žádost o úplatek a odmítám jmenovat vysokoškolským profesorem toho, kdo požádal o úplatek,“ řekl před časem Zeman.

Fajt označil Zemanovy argumenty za nepravdivé a manipulativní. Prezident se podle něj chová nepřípustně svévolně.