Českoslovenští političtí představitelé podle něj promýšleli různé varianty, jak dlouhodobě zajistit bezpečnost země. Velkou podporu měly zprvu myšlenky, které chtěly postavit evropskou bezpečnost na novém základě, kdy by se transformovala jak Varšavská smlouva, tak NATO. Za ideového tvůrce politiky, jež vedla až ke členství v NATO, Janoušek označil prezidenta Václava Havla.

Spolu s ním se na hledání vhodné bezpečnostní struktury do roku 1993 podíleli zejména také ministr zahraničí Jiří Dienstbier či ministr obrany Luboš Dobrovský. „V této fázi vznikaly základní komunikační kanály mezi Prahou a Washingtonem, respektive bruselským ústředím NATO,“ poznamenal Janoušek. Již v roce 1990 byly vztahy mezi NATO a Československem intenzivní. Uskutečnilo se několik návštěv a v březnu 1991 Havel jako první hlava jedné z nových evropských demokracií vystoupil v bruselském sídle NATO.

Svůj spojenecký potenciál Čechoslováci podle Janouška demonstrovali mimo jiné tím, že ještě v době, kdy se teprve rozpadala Varšavská smlouva, vyslali protichemickou jednotku do mise v Perském zálivu. „Vyslání jednotky bylo pro Havla mimořádně důležité. Ve svém poselství československým vojákům v Zálivu zdůraznil, jak je důležité postavit se totalitní moci,“ zdůraznil Janoušek.