Šinkora se ohradil proti povinné vakcinaci proti covidu-19, kterou začíná prosazovat současná vláda v demisi končícího premiéra Andreje Babiše (ANO). Kabinet v demisi chce i přes odmítavé postoje na povinnou vakcinaci proti covidu-19 od nastupující vlády designovaného premiéra Petra Fialy (ODS) zavést kromě určitých profesí i plošně pro všechny české obyvatele starší 60 let.

Proti záměru Babišova kabinetu vystoupil například předseda lidovců Marian Jurečka, jenž v Otázkách Václava Moravce avizoval, že je budoucí ministr zdravotnictví Vlastimil Válek (TOP 09) připravený povinnost očkování pro lidi nad 60 let zrušit, podobná vyhláška je podle Jurečky neakceptovatelná.

Podobná slova jako ministři nastupujícího Fialova kabinetu volí i sám Šinkora. Podle imunologa jde o „největší útok na svobodu“ u nás od roku 1990. „Selektivně zakazovat cokoli neočkovaným a nechat očkované, ať pobíhají a infikují své okolí, musel vymyslet idiot. Ale aplikovala to naše vláda a úřady. To mi stačí k závěru, že selhaly. Mimo jiné tím proti sobě poštvaly dvě části společnosti a zasáhlo to i dětské kolektivy. Za to by měl být kriminál,“ vadí mu.